Ликвидация инфраструктуры испытаний ядерного оружия на бывшем Семипалатинском испытательном полигоне проводится в рамках межправительственного Соглашения между Республикой Казахстан и Соединенными Штатами Америки и Программы "Совместное Сокращение Угрозы" (CTR), разработанной США для оказания содействия Казахстану, России, Украине и Беларуси.
Соединенные Штаты Америки взяли обязательства оказать необходимую помощь для безопасного уничтожения инфраструктуры ядерного оружия путем предоставления необходимых услуг и оборудования, а также обучения персонала для безопасной и полной консервации ядерно-испытательного штольневого комплекса, находящегося на горном массиве Дегелен бывшего Семипалатинского испытательного полигона.
24 сентября 1993 года Соединенные Штаты Америки и Республика Казахстан подписали Совместное заявление о намерениях, в котором США обязались предоставить помощь Республике Казахстан для оценки последствий советских ядерных испытаний на бывшем Семипалатинском испытательном полигоне.
Головным исполнителем для всех программ уничтожения инфраструктуры ядерного оружия, проводимых на Семипалатинском полигоне, включая программы по закрытию штолен горного массива Дегелен и скважин испытательной площадки Балапан, Правительство Казахстана официально утвердило Национальный ядерный центр РК (Указ №1002 от 13 августа 1996 года). Работы проводились в тесном сотрудничестве с министерствами и ведомствами Республики Казахстан.
За период с 1996 по 2000 г. были полностью закрыты 181 штольня на горном массиве Дегелен и 13 неиспользованных скважин на площадке Балапан. Специалистами НЯЦ РК были проведены работы по радиоэкологической экспертизе и налажен радиоэкологический мониторинг.
Одной из главных задач, стоящих перед НЯЦ РК, была конверсия бывшего военно-промышленного Семипалатинского испытательного полигона и использование его научно-технического потенциала в интересах Республики Казахстан.